De hoofdfase van je opleiding bestaat gedurende twee jaar uit thematische blokken waarin steeds een medisch of biologisch probleem uit de praktijk centraal staat. De verdieping van je (moleculair) biologische en informaticakennis staat centraal. Je leert biologische databases te gebruiken, ontwerpen en bewerken. Je oefent en verbreedt je informaticavaardigheden en je maakt eigen computerprogramma's en databases voor het oplossen van (moleculair) biologische en genetische problemen.
Je verdiept je in meer complexe statistiek en communiceert zo nu en dan in het Engels. Al doende ontwikkel je je tot allround bio-informaticaspecialist. Je traint je communicatieve vaardigheden en je houdt je bezig met probleemanalyses en rapportages van onderzoeken.